Aptitude má ve standardní konfiguraci jednu nešťastně nastavenou volbu. Jedná se o Recommends-Important jenž je nastavena na true. To způsobuje že aptitude instaluje v rámci závislostí i balíčky jenž jsou jen doporučené. Tím pádem sa časo nainstaluje software který vysloveně nechceme instalovat. Toto chování opravíme v konfiguraci nastavením:
// Konfigurace Aptitude
Aptitude {
Recommends-Important false; // Neinstaluj doporucene balicky
}