Konfigurace apache2 je uložena v adresářové struktuře /etc/apache2. Zde je hlavní konfigurační soubor apache2.conf a další. Moduly do apache které si nainstalujeme mají konfigurace v adresáři mods-available. Ty které jsou aktuálně použity, tedy které apache načítá, jsou v adresáři mods-enabled. Zapnutí/vypnutí modulu provedeme přikazy:

# a2enmod jméno-modulu
# a2dismod jméno-modulu

V adresáři sites-available jsou pak konfigurace virtuálních webů a v adresáři sites-enabled pak ty weby které jsou aktuálně zapnuty. Pro zapnutí/vypnutí virtuálního webu jsou obdobné příkazy jako pro moduly:

# a2ensite jméno-webu
# a2dissite jméno-webu