Pokud nám nevyhovuje standardní konfigurace, se kterou se MySQL nainstaluje, můžeme využít některého z dodaných konfiguračních souborů. Tyto jsou v adresáři /usr/share/doc/mysql-server-5.0/examples. Podle popisu v soubory si vybereme ten správný a umístníme ho místo /etc/mysql/my.cnf. Zkontrolujeme, že na konci souboru je:

#
# * IMPORTANT: Additional settings that can override those from this file!
#
!includedir /etc/mysql/conf.d/

To proto aby se braly v úvahu naše úpravy konfigurace v adresáři /etc/mysql/conf.d/.